Đoàn trưởng, Tư lệnh

• Đại tá Võ Bẩm - Đoàn trưởng Đoàn 559 (05/1959 - đầu 1965)
• Thiếu tướng Phan Trọng Tuệ (đầu 1965 - cuối 1965)
• Đại tá Hoàng Văn Thái (cuối 1965- cuối 1966)
• Đại tá Đồng Sĩ Nguyên (cuối 1966 - 1976)
• Phan Quang Tiệp, Thiếu tướng
• 1989 - 2000: Đỗ Xuân Diễn, Thiếu tướng
• 2000 - 2004: Phạm Văn Sang, Thiếu tướng
• 2005 - 2012, Lương Sỹ Nhung, Thiếu tướng
• 2013-07/2015, Đỗ Giang Nam, Thiếu tướng
• 08/2015-09/2016, Nguyễn Đức Thuận, Đại tá
• 10/2016 đến 02/2020, Nguyễn Anh Tuấn, Thiếu tướng.
• 03/2020 đến nay, Nguyễn Hữu Ngọc, Đại tá.

[5]

Chính ủy

• Thiếu tướng Phan Trọng Tuệ (đầu 1965 - cuối 1965)
• Đại tá Vũ Xuân Chiêm (cuối 1965-1972)
• Đại tá Đặng Tính (1972-1973)
• Đại tá Hoàng Thế Thiện (1973-1975),
• Đại tá Lê Xy (1975-1976)
• Thiếu tướng Võ Sở (Phó Tư lệnh, Bí thư Đảng ủy)
• 1998-2005: Nguyễn Bá Tòng, Thiếu tướng (Phó Tư lệnh, Bí thư Đảng ủy)
• 2005 - 2010: Trần Thanh Hải, Thiếu tướng
• 2010 - 09/2016: Đào Văn Tân, Thiếu tướng (2010)
• 10/2016: Đại tá Vũ Phúc Hậu (Phó Tư lệnh, Bí thư Đảng ủy)

Phó tư lệnh

• Thiếu tướng Phan Khắc Hy
• Thiếu tướng Nguyễn An
• Nguyễn Tường Lân (Thứ trưởng) Bộ Giao thông Vận tải
• Thiếu tướng Hoàng Kiện (1973-1974)
• Đại tá Đặng Hương
• Đại tá Trần Văn Phúc (? - 2000)
• Đại tá Nguyễn Xuân Điều (1994 - 2000)
• Thiếu tướng Lương Sỹ Nhung (1999-2004)
• Đại tá Mai Duy Trinh
• Đại tá Nguyễn Hữu Quế (2005-2017)
• Đại tá Đặng Công Huynh
• Đại tá Nguyễn Vũ Hùng (2011-2015)
• Đại tá Đào Văn Tuấn (2014 - 2018)
• Đại tá Nguyễn Tuấn Anh (2014 - nay)
• Đại tá Cao Quang Chiến (2017 - nay)
• Đại tá Nguyễn Hữu Ngọc (2016 - 02/2020)
• Đại tá Nguyễn Tuấn Anh (2017 - nay)
• Thượng tá Ông Vĩnh Hòa (2020 - nay)